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  본 공법에서 사용하는 바실러스속 세균은 모양이 단간균 형태이며 성장이 적합하지 않은 환경에서 포자를 만드는 그람양성 통성 혐기성세균이다.

B3공법은 아래의 그림(Fig1)에서 나타낸 바와 같이 바실러스속 세균은 포자→발아→증식→분열→포자를 반복시켜 바실러스속 세균을 우점화시키는 방법으로 바실러스속 세균이 일정 개체수 이상을 유지하면 유기물, 질소 및 인의 제거효율을 향상시킬 수 있고 슬러지의 침강성도 향상시킬 수 있다는 점에 착안한 것이 본 기술에서 가장 중요한 핵심적인 사항이라고 할 수 있다.

B3공법의 반응조는 4실로 구분되어 있으며, 반응조 4실에서 1실로 슬러지를 반송하는 내부반송과 침전지에서 반응조 1실로 슬러지를 반송하는 슬러
지반송에 의해 1실의 바실러스속 세균의 균체수를 증가시킬 수 있다.

내부반송과 슬러지반송을 유입수량에 대한 비율로각각 0~100%정도의 슬러지를 순환시키며 운전하는 방법으로 바실러스속 세균을 우점화시키는 방법이다.


반응조의 운전방법은 1실에서 4실로 진행함에 따라 공기공급량을 점차 감소시키는 점감포기로 표현할 수 있다.
바실러스속 세균을 우점화 시키기 위해 반응조는 4개의 실(반응조)로 구분하여 포기를 하며, 제1실은 반응조 전체 공기공급량의 약 60 ~ 80%를 공급하여 포기하고, 제2실, 제3실, 제4실은 20 ~ 40%로 점차 포기량을 감소시켜 가는 점감 포기식이다. 용존산소의 농도는 제1실에서 0.5 ~ 1.0mg/ℓ정도가 되도록 유지하고, 제 2실에서는 0.3 ~ 0.4mg/ℓ, 제3실 및 4실은 혐기성 상태가 되지 않을 정도의 용존산소의 농도인 0.1 ~ 0.2mg/ℓ정도로 유지시킨다. 용존산소의 농도가 0.1 ~ 0.2mg/ℓ로 낮은 제3 ~ 4실에서 절대적인 호기성균은 정상적인 성장이 어려운 대신 용존산소의 농도가 낮은 상태에서도 생존할 수 있는 통성 혐기성균인 바실러스속 세균이 대부분 우점종이 된 4실의 슬러지를 1실로 반송시킴으로 인해 유기물, 질소 및 인을 대부분 제거하는 1실에서 바실러스속 세균의 개체수를 증가시켜 하수를 처리하는 방법이다.

또한, 유기물, 질소 및 인의 제거는 대부분 1실에서 진행됨으로 1실 이후에는 영양분이 부족한 상태인 빈 영양상태가 되어 바실러스속 세균의 성장에 열악한 환경이 조성됨으로 바실러스속 세균은 점차 포자화로 진행되거나 또는 포자를 형성하고, 침강성이 좋은 포자와 포자 이외의 슬러지가 함께 침전지로 유입되면서 고액분리가 쉽게 일어나게 된다.